Las raices, deben estar expuestas al nivel que dejan el tronco. Esto da la impresion de un arbol poderoso anclado en la tierra, en lugar de un palito enterrado en el piso. Esta erupcion de raices es llamada 'Nebari'.

Al igual que con las ramas, las raices deben radiar hacia fuera del tronco como los rayos de una rueda.

La estructura radicular debe idealmente estar cerca del arbol, esto quiere decir que debe tener muchas finas raices cerca del arbol, no torcidas alrededor por dentro del recipiente.

Ninguna raiz debe cruzar a otra al nivel de la superficie, cualquiera que lo haga debe ser removida.

Aqui vemos un programa para mejorar las raices de tu bonsai y acercarlas al tronco. (a) Es como el arbol fue adquirido, quiza de invernadero o recolectado. (b) Muestra el arbol al primer trasplante. Varias de las raices mayores han sido cortadas y tratadas con hormonas para enraizar o gel. (c) Es el arbol al final del año, esto puede tardar mas en las coniferas, asi que ten cuidado! (d) Muestra las raices remanentes podadas y tratadas, y (e) el resultado final, una buena estructura radicular, cercana al arbol.

Si te encuentras con un arbol con ausencia de raices cercanas al tronco, o quiza unicamente un par de largas raices en posiciones desfaborables, no te rindas. Si leiste la seccion de acodos veras que es posible inducir el crecimiento de nuevas raices cercanas al tronco, y sobre el tronco. Si es que al arbol le falta algo en un area particular.

Quiza tu tengas una raiz desigual con una raiz mucho mas larga que las otras, esta puede meterse en balance podando esta mas que sus rivales, al hacer el  trasplante. Al poco tiempo esto emparejara las raices.

Despues de algunos años la raiz del frente (a) ha sido poda mas fuerte que las otras, provocando que queden mas iguales en tamaño. 

Cuando se obtiene un arbol por conversion, o recoleccion  silvestre, encontraras que tiene una raiz mayor que va hacia abajo. Esta es llamada raiz principal y debe ser removida para que el arbol quepa en un recipiente para bonsai.  Este proceso puede necesitar llevarse a acabo tras varios trasplantes y puede en el caso de los pinos tomar un tiempo el lograrse. Sin embargo si lees la seccion de  acodos podras inducir raices nuevas sobre el lugar donde quieres cortar la raiz principal. Tu debes, si has removido mucha raiz a un tiempo, remover algo del follaje para 'balancear' al arbol.